10 ноября 1766 года указом императрицы Екатерины II была упразднена Канцелярия Петербургской Академии наук. Это решение стало частью реформы управления главным научным учреждением Российской империи.
Канцелярия занималась административными и финансовыми вопросами Академии, заключала контракты с учёными, распоряжалась выплатой жалованья и контролировала деятельность академических подразделений. Со временем в её руках сосредоточилась обширная власть, что вызывало недовольство научного сообщества. В частности, Михаил Ломоносов критиковал вмешательство чиновников в научную деятельность и выступал за расширение полномочий академиков.
Вместо Канцелярии Екатерина II распорядилась создать специальную Комиссию, в состав которой вошли учёные, в том числе математик Леонард Эйлер, историк Якоб Штелин и математик Семён Котельников. Руководство новым органом поручалось директору Академии графу Владимиру Орлову. Комиссия должна была улучшить управление академическими подразделениями и упорядочить их работу.
10 ноября 1769 года императрица Екатерина II своим указом передала Таганрогскую гавань в распоряжение вице-адмирала Алексея Наумовича Сенявина и распорядилась восстановить её для нужд Азовской флотилии.
Решение было принято в ходе Русско-турецкой войны 1768–1774 годов, когда Россия приступила к возрождению военного флота на Азовском море. Таганрог, основанный Петром I в конце XVII века, ранее служил военно-морской базой, но после Прутского похода 1711 года Россия была вынуждена разрушить его укрепления и портовые сооружения по условиям договора с Османской империей. 2 апреля 1769 года, во время новой Русско-турецкой войны, российские войска вновь заняли Таганрог, не встретив сопротивления.
Екатерина II предписала привести гавань в состояние, пригодное для стоянки и строительства военных судов, прежде всего галер. Предполагалось, что уже зимой 1770 года здесь сможет разместиться Азовская флотилия. Для руководства восстановительными работами в Таганрог направили инженер-подполковника И. Збородова.
Указ также предусматривал восстановление береговых сооружений и создание необходимой инфраструктуры. В Троицкой крепости планировалось построить склады для продовольствия и флотских припасов, погреба и помещения для зимнего размещения моряков.
В дальнейшем Таганрог стал одной из основных баз Азовской флотилии, обеспечивавшей действия российских кораблей в Азовском море и у Крымского полуострова.